Salaire en cas de maladie ou d’accident : qui paie, et combien de temps

En cas de maladie, l’employeur verse 100 % du salaire dès le premier jour, pour une durée qui dépend de l’ancienneté. En cas d’accident, c’est l’assurance obligatoire qui paie.

Publié le · 9 min de lecture

Sur un bureau clair, trois formulaires d’annonce d’accident et d’assurance, un calendrier de bureau et un classeur.

Un collaborateur appelle un lundi matin : il est malade. La question tombe tout de suite après — est-ce que je dois le payer, et jusqu’à quand ? La réponse tient en deux phrases, et elle n’est pas la même selon qu’il s’agit d’une maladie ou d’un accident.

En cas de maladie, c’est l’employeur qui paie, sur sa propre caisse, 100 % du salaire dès le premier jour, pendant une durée qui dépend de l’ancienneté (art. 324a CO). En cas d’accident, c’est l’assurance-accidents obligatoire qui verse 80 % du gain assuré, mais seulement à partir du troisième jour qui suit celui de l’accident (art. 16 et 17 LAA) — les jours d’attente restant à la charge de l’employeur.

La questionMaladieAccident
Qui paieL’employeur, sur sa trésorerieL’assurance-accidents obligatoire
À partir de quandLe premier jour, aucun jour de carenceLe troisième jour qui suit celui de l’accident
Combien100 % du salaire80 % du gain assuré
Pendant les jours d’attenteSans objetL’employeur verse au moins les quatre cinquièmes du salaire
Une assurance est-elle obligatoire ?Non — l’assurance perte de gain est facultativeOui, pour tout salarié

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Art. 324a et 324b CO, art. 16 et 17 LAA — textes en vigueur le 12 octobre 2026.

Maladie : l’employeur paie, et la durée dépend de l’ancienneté

L’obligation ne commence pas au premier jour du contrat. Elle suppose que les rapports de travail aient duré plus de trois mois, ou aient été conclus pour plus de trois mois (art. 324a al. 1 CO). Un contrat à durée indéterminée remplit la seconde condition d’emblée : la question ne se pose vraiment que pour les missions courtes. C’est un point à regarder au moment d’engager un collaborateur.

Ensuite, la loi ne donne qu’un plancher : « l’employeur paie pendant la première année de service le salaire de trois semaines et, ensuite, le salaire pour une période plus longue fixée équitablement » (art. 324a al. 2 CO). « Fixée équitablement » n’est pas un chiffre. Pour sortir de ce flou, les tribunaux se sont donné des barèmes — le SECO écrit que « les tribunaux appliquent les échelles suivantes » (SECO).

Trois échelles coexistent, selon la région. En Suisse romande, c’est l’échelle bernoise qui s’applique.

Année de serviceÉchelle bernoise (Suisse romande)Échelle bâloise (BS, BL)Échelle zurichoise (ZH, GR)
1re année3 semaines3 semaines3 semaines
2e année1 mois2 mois8 semaines
3e année2 mois2 mois9 semaines
4e année2 mois3 mois10 semaines
5e année3 mois3 mois11 semaines
6e année3 mois3 mois12 semaines
7e année3 mois3 mois13 semaines
8e année3 mois3 mois14 semaines
9e année3 mois3 mois15 semaines
10e année4 mois3 mois16 semaines
11e année4 mois4 mois17 semaines

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Échelles reprises de la FAQ « Empêchement de travailler » du SECO. Elles continuent de progresser au-delà de la onzième année. L’échelle bernoise s’applique à BE, AG, OW, SG et à la Suisse romande.

Une précision qui change tout dans un décompte : le crédit est annuel, pas par maladie. Le SECO est explicite : « Le droit au maintien du salaire est calculé par année de service et chaque année de service donne droit à un nouveau crédit. Plusieurs empêchement de travailler pour cause de maladie lors d’une même année de service s’additionnent. » Trois absences d’une semaine dans la même année de service consomment donc le même crédit que trois semaines d’affilée.

Enfin, la grossesse et l’accouchement relèvent du même article (art. 324a al. 3 CO), et ces règles valent aussi pour l’accomplissement d’une obligation légale, comme le service militaire.

Accident : l’assurance obligatoire prend le relais

Tout salarié est obligatoirement assuré contre les accidents (art. 1a LAA) : vous n’avez pas le choix, et la prime de l’assurance contre les accidents professionnels est à votre charge. L’indemnité journalière correspond à 80 % du gain assuré en cas d’incapacité totale (art. 17 al. 1 LAA), et le droit « naît le troisième jour qui suit celui de l’accident » (art. 16 al. 2 LAA).

Ces deux jours d’attente ne sont pas gratuits pour vous : quand les prestations d’assurance ne sont versées qu’après un délai d’attente, « l’employeur doit verser pendant cette période quatre cinquièmes au moins du salaire » (art. 324b al. 3 CO). En revanche, dès que l’assurance verse ses 80 %, vous ne devez plus rien : l’obligation est réputée satisfaite si les prestations couvrent au moins les quatre cinquièmes du salaire (art. 324b al. 1). Si elles sont inférieures, vous payez la différence jusqu’à ces quatre cinquièmes (al. 2).

Un piège mérite d’être connu : les accidents non professionnels — ski, vélo, escalier de la maison — ne sont couverts que si le collaborateur travaille au moins huit heures par semaine chez vous (art. 13 OLAA). En dessous de ce seuil, le travailleur doit s’assurer lui-même, et de votre côté l’empêchement se traite comme une maladie, c’est-à-dire selon l’art. 324a CO.

L’assurance perte de gain maladie : facultative, et pourtant courante

Contrairement à l’assurance-accidents, rien ne vous oblige à assurer le risque maladie. La loi dit seulement que toute personne « peut conclure » une assurance d’indemnités journalières (art. 67 al. 1 LAMal). Beaucoup de PME en souscrivent une malgré tout, et la plupart des contrats prévoient 80 % du salaire pendant 720 ou 730 jours sur une période de 900 jours — le SECO le présente comme la pratique des assureurs, non comme un minimum légal. La police et ses conditions générales font foi, rien d’autre.

Une telle assurance peut remplacer le système de l’art. 324a, mais à une condition stricte : il faut un accord écrit, un contrat-type ou une convention collective, et les prestations doivent être au moins équivalentes (art. 324a al. 4 CO). Faites vérifier cette équivalence par votre assureur ou votre fiduciaire avant de vous y fier : un contrat moins favorable que l’échelle bernoise ne vous libère de rien.

Le certificat médical : ce que vous pouvez exiger, et ce que vous ne lirez pas

C’est au collaborateur de prouver son incapacité. « À la demande de son employeur, il doit produire un certificat médical qui doit préciser si le travailleur est totalement ou partiellement incapable de travailler », écrit le SECO, qui ajoute aussitôt la limite : « Le certificat médical ne doit pas contenir de diagnostic. » Vous apprenez qu’une personne ne peut pas travailler et dans quelle proportion — jamais de quoi elle souffre.

Sur le délai, le SECO est clair : « En principe, l’employeur est en droit d’exiger un certificat médical dès le premier jour d’incapacité de travail. » Aucun texte fédéral n’impose le fameux « troisième jour » — c’est un usage, repris dans beaucoup de contrats et de règlements, pas une règle de loi. À vous de fixer le seuil dans votre contrat ou votre règlement, et de l’appliquer de la même façon à tout le monde.

Ce certificat reste une donnée de santé. L’employeur ne peut traiter que les données « qui portent sur les aptitudes du travailleur à remplir son emploi ou qui sont nécessaires à l’exécution du contrat de travail » (art. 328b CO). Concrètement : le document se range là où les collègues n’y accèdent pas, et le motif d’une absence ne s’affiche pas sur un tableau d’équipe.

Un enfant ou un proche malade : un autre droit, souvent confondu

Le collaborateur en bonne santé qui s’absente pour soigner un proche ne relève pas de l’art. 324a, mais du congé de prise en charge (art. 329h CO) : un congé payé, limité au temps nécessaire, « trois jours par cas et dix jours par année de service au total ». Le SECO précise que la limite de dix jours ne s’applique pas à la prise en charge des enfants. Et lorsqu’un enfant souffre d’une atteinte grave à sa santé, un congé de quatorze semaines existe, indemnisé par les allocations pour perte de gain.

Ne pas confondre avec la protection contre le licenciement

Deux compteurs circulent souvent ensemble, et ils n’ont rien à voir. La durée du salaire suit l’échelle vue plus haut. La protection contre le congé en cas de maladie ou d’accident suit l’art. 336c CO : trente jours pendant la première année de service, nonante jours de la deuxième à la cinquième, cent huitante jours dès la sixième. Un congé donné pendant cette période est nul, et un délai en cours est suspendu — même si le droit au salaire, lui, est déjà épuisé. Les deux questions se posent systématiquement lors du départ d’un collaborateur.

Ce que SwissPME fait, et ce qu’il ne fait pas

Soyons net, parce que le sujet s’y prête : SwissPME ne calcule aucun salaire de maladie. Pas de pourcentage, pas d’échelle bernoise, pas de compteur de droit au salaire qui s’épuise, pas d’annonce à une assurance, pas d’export vers un logiciel de paie. Ce que le module Absences tient, c’est le registre des absences — et c’est déjà ce qui manque le plus souvent quand il faut reconstituer une année.

  • Le collaborateur déclare lui-même sa maladie du jour, par un bouton « Je suis malade ». Les jours consécutifs sont fusionnés en un seul arrêt qui s’allonge, plutôt qu’empilés en demandes séparées.
  • Les types « Maladie » et « Accident » sont posés d’office et comptés séparément — la distinction qui commande tout le reste de cet article.
  • Un certificat est réclamé au-delà d’un nombre de jours que vous fixez par type (trois jours à l’installation). Quand il manque, une tâche s’ouvre côté collaborateur, une autre côté administration, et chacun reçoit une notification.
  • Seul le collaborateur dépose son certificat (PDF, PNG ou JPEG). Le fichier est stocké en Suisse sous un nom aléatoire, jamais accessible par une adresse publique, et servi par une route qui vérifie l’entreprise, la demande et le droit de lecture.
  • Il ne s’ouvre que par l’intéressé et par les valideurs de son périmètre : un chef d’équipe ne voit pas les certificats d’une autre équipe. Quand votre fiduciaire ouvre un justificatif, vos administrateurs en sont avertis.
  • Un collègue lit « Absent », pas « Maladie » : le nom du type est réservé à l’intéressé, à ses valideurs et aux gestionnaires du module.
  • Les jours de maladie ne sont déduits d’aucun solde — ils ne touchent pas au compte de vacances.

Si vous enregistrez aussi la durée du travail, les deux modules s’accordent sur une règle simple : un jour couvert par une absence validée ne doit aucune heure, exactement comme un jour férié. Un arrêt maladie ne creuse donc pas le compteur d’heures, et ne le gonfle pas non plus. Le module Heures ne lit que les dates — ni le motif, ni le type, ni le justificatif.

Quant à la paie, elle se fait ailleurs. Si vous accordez à votre fiduciaire un mandat sur le module, avec le droit de valider les demandes, elle lit directement les absences du mois dans votre espace au moment d’établir les salaires. Sans ce droit, elle lit « Absent » comme tout le monde.

Un dernier conseil, de la part de quelqu’un qui tient les comptes : le jour où un arrêt se prolonge, ce qui manque n’est jamais la règle de droit — elle est dans cet article — mais les dates exactes. Qui s’est absenté, quels jours, avec quel justificatif. C’est précisément ce que le module Absences tient à jour tout seul, pendant que vous vous occupez du reste.

Absences et congésCHF 2.90 / utilisateur / mois

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